Selman Waksman sinh ngày 22.7.1888 trong một gia đình Do Thái ở Nova Pryluka, một làng nông thôn gần Kiev, trong Đế quốc Nga[1], nay là Ukraina. Ngay sau khi nhận bằng tốt nghiệp từ trường Trung học cấp II thứ 5 ở Odessa, Ukraine, ông di cư sang Hoa Kỳ năm 1910 và nhập quốc tịch Mỹ 6 năm sau.

Waksman theo học Rutgers College (nay là Đại học Rutgers), đậu bằng cử nhân khoa học về nông nghiệp năm 1915, năm sau ông đậu bằng thạc sĩ khoa học. Trong thời gian nghiên cứu tự bồi dưỡng, ông làm việc dưới sự hướng dẫn của J. G. Lipman ở Trạm thực nghiệm nông nghiệp New Jersey của Đại học Rutgers, nghiên cứu về vi sinh học trong đất. Sau đó Waksman vào làm nghiên cứu sinh ở Đại học California tại Berkeley và đậu bằng tiến sĩ khoa hóa sinh ở đây năm 1918. Rồi ông trở về tham gia ban giảng huấn của Phân khoa Hóa sinh và Vi sinh học ở Đại học Rutgers.